Proposal Tugas Akhir Doktor merupakan mata kuliah wajib yang harus dikontrak oleh mahasiswa program doktor melalui jalur penelitian (doctor by research). Mata kuliah ini berbobot 3 SKS dan dilaksanakan selama proses penyusunan proposal tugas akhir secara terbimbing dan sistematis. Luaran utama mata kuliah ini adalah proposal tugas akhir yang siap diuji, yang dapat berupa proposal disertasi, proposal proyek, proposal prototipe, atau bentuk proposal lain sesuai karakteristik dan kebijakan program studi. Proposal yang dikembangkan menjadi bagian yang tidak terpisahkan dari tahapan penelitian doktoral dalam rangka penyelesaian studi. Pembelajaran dilaksanakan secara individual melalui metode penugasan (resitasi) dengan dukungan berbagai media pembelajaran. Penilaian didasarkan pada aktivitas mahasiswa, kreativitas akademik, serta kualitas dan kelayakan produk proposal tugas akhir yang dihasilkan.